Музей истории института был открыт в 1980 году в главном учебном корпусе. А в 2001 году, после пожара, нанесшего огромный ущерб академии, музей возродился буквально из пепла. Теперь, благодаря активной деятельности ректора академии, заслуженного деятеля науки РФ, д.м.н., профессора, действительного члена РАЕ Рудольфа Ростиславовича Шиляева и совета музея, наш музей истории академии представляет собой развитую структуру,  сохраняющую память многих поколений врачей. Музейные фонды размещены на нескольких этажах академии и включают в себя,  не только рукописные и печатные материалы, фотографии, картины, инструменты, личные вещи, памятные дипломы и призы, но и видеоматериалы и мультимедийные архивы данных.

Музей академии принимает активное участие во всех социально ориентированных общественных мероприятиях академии: работа с выпускниками и участие в организации вечеров встреч, участие в организации вечеров памяти, в том числе и для участников ВОВ, участие в организации и проведении одной из секций "Недели науки". Сейчас музей представляет собой интенсивно развивающуюся структуру, в формирование и постоянную модернизацию которой неоценимую лепту внесла Галина Николаевна Кашманова. Галина Николаевна - заведующая музеем истории академии не только бессменный хранитель материалов, но и активный участник общественной жизни вуза.